南齐永明七年(489)创建。隋吉藏在此创立我国佛教三论宗。为国内佛教四大丛林之一。栖霞寺始建于南齐永明七年(489年)。梁僧朗于此大弘三论教义，被称为江南三论宗初祖。

栖霞寺历史上几易其名。最初称栖霞精舍，唐时改名功德寺，五代十国时改为妙因寺，宋代又改名为普云寺、栖霞寺、崇报寺、虎穴寺。明洪武五年(1372年)复称栖霞寺。清朝末年，太平天国与清兵作战时，栖霞寺毁于战火。1919年重建。