马头明王一面表示空性，二臂表示智悲双运，三目圆睁表示降伏三界恶魔，獠牙可怖势态表示具有众生无明业障，摧破诸恐怖而现形。右手持骷髅宝杖表示灭伏一切魑魅之恶业，左手以期克印表示除断一切恶障。头戴五骷髅冠表示五佛性能，双足右屈左伸表示降伏烦恼、蕴、天子、死等四魔之意。

马头明王的主要功德为：降伏罗刹、鬼神、天龙八部之一切魔障，消无明业障、瘟疫、病苦、免一切恶咒邪法等。修持此本尊法，可获无痛苦之大乐空性成就果位。诸本尊中唯有马头明王在发际上有一或三个马头。此表征为啖食一切众生无明罪障，摧破诸恐而现之形。